Het boek is opgebouwd uit drie delen en het is natuurlijk niet toevallig zo geschreven. `De Engelenmaker` staat vaak in het teken van het getal drie. Dit komt van de Heilige Drievuldigheid in de Bijbel(hierover meer bij kopje motieven). Tussen de drie delen zitten grote sprongen in tijd, dus het boek is niet chronologisch opgebouwd.

Deel I: Het eerste deel begint op 13 oktober 1984, als Victor Hoppe met zijn drie zoons aankomt in Wolfsheim. Het boek is opgedeeld in twaalf genummerde hoofdstukken en beslaat de bladzijden 9-143. Het deel eindigt na de dood van de huishoudster Charlotte Maenhout ongeveer vier jaar later.

Deel II:

Deel twee gaat over twee verschillende periodes in het leven van de hoofdpersoon Victor Hoppe. Het is opgedeeld in hoofdstukken die worden gescheiden door drie sterretjes en beslaat de bladzijden 147-311. Afwisselend gaat een hoofdstuk over de kindertijd van Hoppe. Hij wordt net na de tweede wereldoorlog geboren en hij groeit op in een klooster. Zij schooltijd verblijft hij in een internaat. De andere periode gaat over de jaren '70 en begin jaren '80 als Victor bezig is met zijn eerste kloonexperimenten.

Deel III:

Deel drie gaat verder waar deel één gestopt was in 1988. Het beslaat de bladzijden 315-429 en is opgedeeld in elf genummerde hoofdstukken. Het boek eindigt ongeveer een jaar later.