Klonen

Het terugkerende thema in het boek is klonen. Victor experimenteert nadat hij is afgestudeerd met het scheppen van leven en het lukt hem na een aantal jaar om muizen te klonen. Later kloont hij zichzelf vier keer, eerst met zijn drie zonen: Rafaël, Gabriël en Michaël, en later baart Vera Weber een kloon als zijn wedergeboorte.

 De Heilige Drievuldigheid

Het getal drie is een terugkerend element in het boek. Dit komt van de heilige Drievuldigheid: Vader, Zoon en de Heilige Geest. Een aantal voorbeelden uit het boek zijn:

• Drie zonen: Rafaël, Michaël en Gabriël
• Het boek bestaat uit drie delen
• Wolfsheim ligt bij het drielandenpunt
• Victor kloont drie muizen
• Victor krijgt de keuze uit drie specialisaties: geriatrie(levens rekken), oncologie(levens redden) en embryologie(levens maken).
• Hij maakt drie keer een vrouw zwanger met zijn medische technologie. 

  Godsdienst

Het Bijbelverhaal speelt een belangrijke rol in "De Engelenmaker" en er wordt veel geciteerd uit de Bijbel. Victor wordt van jongs af aan godsdienstig opgevoed en krijgt zo zijn eigen speciale denkbeelden over de relatie tussen God en Jezus. Hij ziet Jezus als goed en God als het kwaad en identificeert zichzelf met Jezus. Zijn vader heeft hem bijvoorbeeld zo in de steek gelaten zoals God zijn Zoon in de steek laat. Aan het einde van het boek kruisigt hij zichzelf precies zoals het bij Jezus gebeurt was. Hij zag er zelfs precies hetzelfde uit en hij had dezelfde snee in zijn zij. Je kan Victor echter ook vergelijken met God. Hij gaat de strijd aan met God en wil hem evenaren. Het lukt hem om leven te scheppen zoals God dat doet.

  Bijgeloof

Niet alleen godsdienst speelt een belangrijke rol in het boek. De inwoners van Wolfheim zijn erg bijgelovig. Zo denken zij dat een kind een hazenlip krijgt als de moeder tijdens de zwangerschap erg geschrokken is. De zoon van Vera Weber heeft een hazenlip, dus er wordt gedacht dat dit komt door de schrik bij de kruisiging van Victor Hoppe. Ook schrijven ze alle ongelukken en vervelende gebeurtenissen toe aan het omhakken van de walnotenboom in Victors tuin. Tijdens het verjaardagfeestje van Gabriël, Michaël en Rafaël valt Gabriël uit de walnotenboom als hij een walnoot probeert te pakken. Victor laat de boom omhakken aangezien hij nog zo'n ongeluk wil voorkomen. De inwoners van Wolfheim geloven dat je geen walnotenboom mag omhakken, want dan zullen bij de uiteinden van de wortels verschrikkelijke dingen gebeuren. Ze vinden dat de zelfmoord van Victor en het ongeluk van Gunther Weber hierdoor veroorzaakt zijn.

 Abortus

 Er komen meerdere abortussen voor in het boek. Zuster Marthe wordt tegen haar zin geaborteerd door de vader van Victor. Victor zelf voert een gedeeltelijke abortus uit op de lesbische vrouw als blijkt dat ze zwanger is van een Siamese tweeling. Hij kan de abortus niet helemaal uitvoeren, aangezien hij geen levens wil nemen. De vrouw krijgt even later een miskraam door deze ingreep.